若想提升小队突袭的挑战难度，最直接的途径是挑战更高阶的模式并调整自身配置。小队突袭本身分为普通和困难两种难度，困难模式下的敌人不仅攻击力显著提升，还拥有更多的控制技能，对玩家的战力与操作提出了更高要求。在自身战力尚未达到推荐标准时，坚持挑战困难模式会立即感受到压力倍增。在战前准备阶段，可以刻意不选择那些被广泛认为高效的角色与技能组合，例如避免使用技能范围广、清兵效率高的忍者，或不携带具有聚怪、控制效果的秘卷以及高爆发的通灵兽，这种配置上的选择会使得清理杂兵和对抗BOSS的过程变得更为吃力。
队伍组建的方式和队友间的配合程度，也是影响挑战难度的关键变量。选择系统随机匹配队友，而非与组织内熟悉的好友组队，会引入配合上的不确定性，增加沟通与战术执行的困难。可以尝试不依赖队友进行单人挑战，这意味着你需要独自应对所有波次的敌人，包括最终的双BOSS组合，这对个人的持续输出、走位和资源管理能力是极大的考验。在战斗过程中，与队友缺乏默契，各自为战，不能有效地将敌人聚集并协同释放技能，会导致战场局势混乱，更容易在混战中受到高额伤害。
改变既定的高效战斗策略，会人为地制造障碍。在战斗中，不遵循优先击杀BOSS的原则，转而花费大量时间与精力去清理所有小兵，会拖延战斗节奏并承受更多不必要的伤害，因为小兵在某些情况下的集中伤害可能非常可观。忽略或刻意不躲避敌人技能的攻击提示，尤其是BOSS技能释放前的红圈警示，将直接导致角色承受大量伤害甚至被控制，从而打乱进攻节奏乃至导致战斗失败。在应对例如觉醒白这类特定关卡时，不了解或不执行诸如优先解决医疗忍者、在其释放全屏技能时保持静止、在其倒地后不贪刀追击等要点，也会让通关过程变得异常艰难。
不充分利用游戏内的奖励增益机制，也会从侧面增加长期挑战的难度。小队突袭每日前三次通关享有双倍奖励，并可消耗金币开启三倍奖励，叠加获得六倍收益，这是快速积累秘卷碎片等材料的重要途径。如果选择放弃这些增益，或者不优先在奖励次数内完成挑战，那么获取强化资源的效率将大大降低，从而延缓角色战力的成长速度，使得后续挑战更高难度内容时，因基础战力不足而倍感困难。困难模式本身提供的奖励和稀有秘卷碎片掉率均优于普通模式，不积极挑战困难模式也会拉长养成周期。
对关卡机制和敌人特性的了解不足，会自然提升挑战的难度。小队突袭的关卡和BOSS组合是随机出现的，不同地图的难度差异可能很大。如果不加以辨别，进入那些公认难度较高的地图，例如存在多个BOSS或拥有强力回复单位的地图，并且不采取任何针对性的策略，那么失败的概率会显著上升。在某些关卡中，让敌人分散在场景两侧而不是集中在一侧进行攻击，会面临同时应对多方攻击的压力；面对以远程攻击为主的BOSS组合时，不注重保持位移和规避直线攻击，也会持续处于被动挨打的状态。
