多人合作元素贯穿各种玩法，加入组织是开启团队体验的第一步。组织作为游戏内的社交核心，允许玩家与同伴共同参与冒险和战斗，提升整体战力。一个活跃的组织能提供更多资源获取渠道，例如通过叛忍追击和要塞争夺等活动，这些都需要成员集体参与才能高效完成。玩家在达到一定等级后即可申请加入组织，初始组织规模有限，但通过持续贡献可以升级扩大人数上限。
组织的人数管理对活动成效至关重要，小型组织可能容纳数十名成员，而大型组织通过合并或升级可显著增加容量。高活跃度的组织通常会严格筛选成员，确保大家在叛忍挑战和祈福任务中能协同作战。玩家加入组织后，每日可通过贡献铜币或金币参与祈福，获取额外奖励，而组织商店中的忍者碎片和勾玉等资源也依赖集体努力兑换。
团队副本如忍界大战团本要求玩家组成四个忍者小队协作通关，每个小队需独立应对关卡中的boss战。这种模式下，如果小队人数不足或配合不佳，很容易在硬核挑战中失败，因此提前集结足够人手是必备策略。副本中的关卡设计强调角色互补，例如近战和远程忍者搭配，能更有效应对不同攻击模式。
除了副本，游戏中的要塞争夺战等跨服活动也依赖于组织成员全员参与，通常需要多名玩家在固定时间段内共同作战才能占领据点。这些活动奖励包括功勋和忍玉，对强化通灵系统和忍者培养大有裨益。玩家通过日常活跃度任务积累资源，再结合组织支持，能更快突破战力瓶颈，享受更丰富的游戏内容。
对于零氪或新手玩家，优先加入一个管理有序的组织能弥补个人资源不足，通过团队活动如小队突袭和组织叛忍获取铜币和声望。每天完成100点活跃度任务后，组织带来的额外加成让战力提升更顺畅，同时跨服匹配的2V2玩法也鼓励玩家寻找固定搭档，以应对更高难度的竞技场挑战。
