口袋妖怪梦的光点二周目，是指在完成游戏一周目剧情并首次击败精灵联盟后开启的新游戏阶段，此阶段的核心目标是探索全新区域，并捕捉大量传说宝可梦。进入二周目的方法是读取通关后的存档，游戏会从主角自家门前开始，此时大木博士会前来询问图鉴收集情况，若已捕捉的宝可梦达到60种，他会帮助主角将图鉴升级为全国图鉴，这是解锁后续内容的关键前提。完成图鉴升级后，前往精灵联盟会发现四天王因故暂时无法挑战，游戏的主线方向随之转向枯叶市的码头，通过坐船前往全新的岛屿区域展开冒险。
二周目初期的核心任务是前往一之岛，推进寻宝剧情。抵达一之岛后，需前往岛上的宝可梦中心与阿锦对话，得知新系统的运行需要一块红宝石。随后进入附近的山洞，洞内有两条岔路，选择下方的道路会遇到等级五十的火焰鸟，选择上方的道路并在后续岔路中继续选择下方道路，则可以找到红宝石以及等级七十的闪光固拉顿。将红宝石交给阿锦后，他会再次委托主角寻找蓝宝石，并赠与彩虹通行证，此后玩家便可以在多个岛屿之间自由通行。寻找蓝宝石的地点位于六之岛的点之穴，在取得蓝宝石位置的上方，玩家能够遭遇盖欧卡。
在广阔的关都地区，二周目隐藏着多只传说的鸟宝可梦等待捕捉。急冻鸟位于双子岛，闪电鸟的所在地则较为隐蔽，需要进入岩山隧道，沿岔路前进并使用冲浪术，最终抵达无人发电厂。除了三圣鸟，版本独有的幻兽也在特定地点出现，例如在三之岛的树果森林中，有一处可以冲浪并攀爬瀑布的地点，抵达大树前进行调查，便能在变化洞窟中遭遇萨戮德与伊裴尔塔尔。而比克提尼则可以在早期于11号道路的地鼠洞出口附近，通过与一位黄头发女孩对话直接获得。
七之岛区域是二周目神兽分布最为集中的区域，提供了丰富的探索与捕捉内容。在七之岛的训练师之塔顶端，可以遭遇帝牙卢卡和帕路奇亚，但需注意捕捉其中一只后会被传送到塔外，需要再次进入并登顶才能捕捉另一只。七之岛下方山谷的山洞中，完成推石头触动开关的谜题后，途中会有非玩家角色赠送梦幻。在七之岛的码头，一名水手会带玩家前往名为肌岩的地点，一直向前走是凤王，左上方向是烈空坐，右上方则是洛奇亚。像迪安希、胡帕等幻兽则位于不归之穴内。
玩家在自由穿梭各岛时，除了追寻主线委托的红蓝宝石，更应细致探索每一个洞窟、森林和道路的岔口，这些地方往往隐藏着强大的传说宝可梦。部分神兽的遭遇需要玩家已经掌握了冲浪、攀瀑等秘传技能，因此在挑战前需做好队伍和技能的准备。整个二周目过程不再以挑战道馆为主线，而是转变为一场追寻传说的大型冒险，极大地丰富了游戏的可玩性与收集要素。
