通关主线剧情并击败四大天王是开启七岛之旅的必要条件。完成一周目后返回真新镇，大木博士会主动上门拜访，若图鉴已收录超过60种宝可梦，博士会将图鉴升级为全国图鉴模式。此步骤是触发后续七岛剧情的核心前提，需确保满足宝可梦收集数量要求。
前往枯叶市码头乘坐渡轮抵达一之岛，在岛屿北部的宝可梦中心与研究员阿棉对话，得知通讯机器故障需要红宝石修复。随后前往灯火山区域，在右侧洞穴入口处击败两名火箭队残党，获取密码线索后进入洞窟深处取得红宝石。将红宝石交予阿棉可修复通讯系统，并获得彩虹通行证，该道具允许玩家自由往返关都地区与七岛。
持有彩虹通行证后乘船至四之岛，在岛屿东南部洞穴深处遭遇冰系天王科拿与火箭队成员。击败对手后得知被捕获的宝可梦被关押在五之岛仓库，需前往解救。五之岛仓库需输入双重密码，第一段密码已在灯火山事件中获得，第二段密码需前往六之岛的变化洞窟。在洞窟底层取得蓝宝石时遭遇抢夺，但成功截获第二段密码。
返回五之岛仓库输入完整密码，击败现任火箭队首领后夺回蓝宝石，至此七岛主线任务基本完成。最后可前往七之岛的训练师之塔挑战高等级对手，或返回关都地区探索新增的华蓝洞窟。七岛区域栖息着大量城都地区特有宝可梦，包括部分需要通过特殊方式触发的传说宝可梦，建议携带具备冲浪、攀瀑等秘传技能的宝可梦以应对复杂地形。
